藥師咒有大咒與小咒之分，或稱長咒與短咒，又名根本咒與心咒。茲將藥師根本咒分成下列五部份，並逐句解釋其意。
（1）歸敬呼請文
（2）即說咒曰
（3）咒語主文
（4）祈願祝禱文
（5）結語
《藥師咒》分段逐字解析
(1)歸敬呼請文：
在禮敬世尊之後，以藥師佛的全名「藥師琉璃光王如來．應供．正等覺」來禮敬藥師佛，做為歸敬呼請文。
簡易羅馬拼音：
1.namo bagavate baisajya-guru-vaidurya-praba-rajaya tatagataya arhate samyaksambudaya 2.tadyata
傳統漢字音譯：
1.南謨 薄伽伐帝 鞞殺社 窶嚕 薜琉璃 鉢喇婆喝囉闍也 怛他揭多也 阿囉喝帝三藐三勃陀耶 2.怛姪他
簡易漢字音譯：
1.那摩 拔軋哇貼 百沙加 姑魯 外丟里牙 普拉巴拉夾牙 塌塌軋塌牙 阿爾哈貼 三藐客三菩達牙 2.塌地牙踏
咒語漢語翻譯：
1.禮敬世尊．藥師琉璃光王如來．應供．正等覺！2.即說咒曰：
南謨(namo)是南無，禮敬、歸命之意；薄伽伐帝(bhagavate)是世尊；合起來是：禮敬世尊。
鞞殺社(bhaisajye)是藥；窶嚕(guru)是師；薜琉璃(vaidurya)常簡稱為琉璃；鉢喇婆(prabha)是光；喝囉闍也(rajaya)來自raja，是王；ya是梵文與格字尾，表示禮敬的對象，合起來是：藥師琉璃光王。
怛他揭多也(tathagataya)來自tathagata，是如來；阿囉喝帝(arhate)來自arhat，為應供或阿羅漢。三藐三勃陀耶 (samyaksambuddhaya)為正等覺、正等覺者之意，英文為one who has attained to complete enlightenment。合起來是：如來．應供．正等覺；為常見的如來稱號。
(2)即說咒曰：
「怛姪他(tadyatha)」是咒語的重要分水嶺，在型式完整的咒語中，此句之前為歸敬呼請文，之後是咒語的中心內容；意思是即說咒曰，英文常譯為It runs like this。
簡易馬拼音：3.om baisajye baisajye 4.baisajya samudgate 5.svaha
傳統漢字音譯：3.唵 鞞殺逝 鞞殺逝 4.鞞殺社 三沒揭帝 5.莎婆訶
簡易漢字音譯：3.唵 百沙傑 百沙傑 4.百沙加 三木的軋貼 5.刷哈
咒語漢語翻譯：：3.唵！藥！藥！ 4.藥生起來！ 5.刷哈！
(3)咒語主文：
唵(om)是咒語中心內容常見的起始句。鞞殺逝(bhaisajye，百沙傑)來自bhaisajya，藥之意。咒語用字精簡，往往只是幾個單字，幾乎不用完整的句子。
(4)祈願祝禱文：
在咒語主文及結語間，常會有一段祈求本咒成就的祈願祝禱文。本咒此段可說是「祈求生起能解除眾生病痛的藥」之意。
鞞殺社(bhaisajya)是藥，三沒揭帝(samudgate)來自samudgata，出生、出現、成就之意；英文為risen up, come forth, appeared, begun等意。
梵文屬印歐語系，用英文比用中文易解讀。三沒揭帝(samudgate)的字源是sam+ud+√gaj (gate)。sam的英文是together；ud是up；gaj是go之意，而梵文gate為英文的gone，因此samudgate的英文為 gone up together或risen up together之意。細心的讀者也許會想起心經的咒語中也有sam與gate，即波羅僧揭諦(para+sam+gate)。各種咒語用字常相同，多學幾個咒語就會發現學習梵文咒語並不難，因多半的字都通用而易認得。
(5)結語：
莎婆訶(svaha)是咒語最常見的結尾語。有吉祥、成就之意。
《藥師心咒》解讀與結構解析
(1)漢傳心咒
藥師咒有大咒、小咒之分；大咒就是上文所說的咒語全文。小咒即心咒，其內容在漢、藏、日各有不同說法：漢地流通者，即上述咒語主文「唵」之後的部份：「唵！鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝，莎訶！om bhaisajye bhaisajye bhaisajya samudgate svaha」（意為：唵！藥！藥！藥生起來！刷哈！）。
見http://blog.pixnet.net/hsinyueh/post/5717456
體質好的人：
感冒時、鼻腔、喉嚨.........都不會痛、當然不用看醫生、也不用吃藥、幾天後自然會好
天氣冷時、不太會感覺冷、就好像車子 加入純淨的油、不是那種有加到 黑心油
精神好、全身氣色紅潤、有笑容、體力佳
小弟才疏學淺，可以請問各位大德前賢，此真言咒可有中文的意思？謝謝！ ^_^
我也很喜歡藥師琉璃光如來灌頂真言，很好聽耶！
可能有的網友看到長長的英文拼音很難唸，
在網路上找到試聽連結如下：
http://www.asia-records.com.tw/in_video.asp?auto=&video_auto=12183&type_1=&type_2=
聽音辨字、朗朗上口，用一點心思，很快就可以背起來了∼∼
也願眾生少病苦，常保身體健康！
《藥師咒》分段逐字解析 [上篇]（林光明教授）：
http://www.dodecyl.com.tw/epaper_017.htm
【 在 愛河無涯，夢醒上岸 的大作中提到: 】
大約十年前，那一年爆發流感，妹妹染疾，燒到四十幾度，由於我和妹妹都不喜歡看西醫，於是宿具慧根的妹妹開始打坐念梵文藥師咒，約莫半個多小時後，大汗淋漓的她起身換衣，再量體溫，竟恢復正常了。不幸的，隔了兩天，換我發燒到四十幾度，週身發燙的我，昏沈之中，想起妹妹念藥師咒之感應，便也盤腿念起咒來，就在咒語聲中，我感到斗大的汗水從額頭、胸口、每一個毛孔中，不斷的掉下來，雖然閉著眼，卻感到週身一片光明詳和，約半個多小時，我已全身溼透，起身擦拭並更衣後，覺精神爽朗，再量體溫，竟降至36度。
前幾天，不知為何，臉突然紅腫發癢，去了醫學美容中心照雷射燈，也未見改善，不知是什麼因果業障病，就在腫到我覺得快要毀容的那個夜晚，突然收到朋友寄來一封e-mail，提到他平日皆持藥師咒，這才讓我憶起十年前的感應，於是臨睡前沐浴更衣，靜坐持咒，在一陣咒語聲中，隨著心沈靜下來，臉也漸漸不癢了，寤寐之間仍斷斷續續持咒，一覺醒來，紅腫的臉竟褪去了半邊，好了九成。因此特恭錄此咒如下：
藥師灌頂真言 (梵音)
南無 拔嘎乏得
namo bhagavate
唄莎迦 古嚕 排闍里牙
bhaisajya guru bhaidurya
缽喇拔 喇迦牙 打他嘎打牙
prabha rajaya tathagataya
阿爾哈得 三牙三菩達牙
arhate samyaksambudahaya
打笛牙他
tadyatha
嗡
Om
唄莎及 唄莎及 唄莎迦
bhaisajye bhaisajye bhaisajya
三沒嘎得 莎哈
samugate svaha
