基因黃豆一般是拿來作飼料的,全世界只剩下台灣在進口作為食用級,多吃會造成血液凝結、心血管疾病和掉頭髮等等毛病。加在飼料中也引起動物的一些疾病,例如多年前澳大利亞將豬的飼料改為黃豆時,短短幾個月內豬的皮膚都有問題,六個月後百分之八十的豬都肝阻塞,不受除草劑影響的基因改良黃豆,Monsanto出產的基因改造黃豆含有一種細菌的某個基因,使其可不受該公司生產的專利除草劑(Roundup)侵害,農民可在使用除草劑消滅雜草時,田裡所有動植物都會被這種農藥殺死,就是殺不死黃豆,含抗除草劑基因之黃豆,由於大量施用除草劑,導致土壤及水源嚴重污染,基改作物含有無法分辨的污染,包括來自動物的基因,對素食主義者及虔誠的宗教徒極不公平
日本每年大約進口100萬公噸,但是80%是沒爭議的非基因改造黃豆;不過台灣每年進口300萬公噸當中,卻有99%是較有風險爭議的基因改造黃豆。