莫拉克颱風過後，受災地區民眾更需小心自身的飲食清潔、傷口護理，保持身體與心靈的健康，才能面對後續的災後重建作業。
成大醫院表示，防疫黃金期是災後2週，清潔的飲水由其重要，災民最好暫食飲用瓶裝水，不要喝濁度過高的自來水或雨水，否則可能會引起急性腸胃炎。
此外，淹水的地區中淤積的泥水與炎熱的氣候，都會助長細菌滋生，不論是清理家園的居民或是前往救災的志工，在接觸到不潔水源時，最好要有防護措施。
皮膚有擦傷、撞傷、抓傷而破皮的傷口的民眾，切勿再碰觸污水，趕緊用食鹽水消毒，並塗抹抗生素軟膏或優碘，如果護理後傷口附近出現紅腫熱痛的現象，切勿拖延，儘快就醫，以免細菌感染擴散引起蜂窩性組織炎、破傷風等。
署已會同災區各縣市衛生局，以轄區內災民收容中心為據點，並依各災民收容人數，規劃醫療團隊及志工服務團體進駐，受災民眾若有心理諮詢需求，衛生署也啟動災難心理衛生機制，由安心專線0800-788-995提供24小時免費服務。